Kurzes Oligonukleotid, das an ein einzelsträngiges DNA-Molekül hybridisiert und so einen Startpunkt für die DNA-Synthese bildet. In der PCR werden Primer von definierter Länge und Sequenz für die Vervielfältigung der DNA-Vorlage eingesetzt. Der Primer besitzt eine freie 3´-OH-Gruppe, an die die (thermostabile) Polymerase Nukleotide anhängt.